Serwer Sun Fire V40z oferuje również wysoką elastyczność i daje szerokie możliwości wyboru konfiguracji dzięki współpracy z wieloma systemami operacyjnymi, takimi jak 64-bitowa wersja dystrybucji Red Hat czy SUSE Linuksa, jak również 32-bitowa dystrybucja Red Hat. System operacyjny Solaris dla platform x86 dostępny jest w wersji 32-bitowej oraz 64-bitowej. Firma Sun, jako dodatkową korzyść, oferuje kompleksowe wsparcie dla systemu w przypadku nabycia systemu Linux bądź Solaris (w wersji dla platformy x86).